Amber 11 è ottimizzato in modo da consentire l'uso di unità di elaborazione grafica (
GPU)
Nvidia che consentono, secondo l'azienda, di accelerare lo strumento sino a 100 volte rispetto ai tradizionali server basati su CPU. Questo incrementa nettamente la produttività degli scienziati, che finalmente non devono più attendere l'assegnazione di turni di utilizzo delle risorse di supercomputer o cluster di server dipartimentali.
Amber 11 è progettato per sfruttare le
GPU Nvidia Tesla serie 20, che utilizzano l'architettura parallela
CUDA per le specifiche esigenze delle applicazioni di elaborazione a elevate prestazioni (
HPC).
Le prime prove condotte dalla comunità di utenti di Amber hanno evidenziato prestazioni superiori su una vasta gamma di simulazioni bio-molecolari.
Il dottor
Walker, professore e ricercatore del
San Diego Supercomputer Center, presso la University of California di San Diego, ha poi fatto notare come, per la simulazione a solutore implicito di un nanosecondo della vita di un nucleosoma da 25.000 atomi, una sola GPU Tesla offra una potenza di elaborazione equivalente a quella di un cluster di CPU a elevate prestazioni da
512 core. Nelle più semplici simulazioni a solutore esplicito, come ad esempio il benchmark JAC, Walker ha notato che una GPU Tesla fornisce la potenza di elaborazione equivalente ai
48 core del supercomputer
NSF Ranger.
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